Untuk mewujudkan Jogja Kota Sepeda salah satu yang penting adalah memiliki jalur khusus sepeda yang layak dan aman bagi pesepeda. Tujuan dari jalur khusus sepeda adalah memisahkan antara sepeda dengan pengguna kendaraan bermotor. Sehingga dapat mengurangi resiko kecelakaan. Sepeda masih ideal digunakan untuk aktifitas transportasi dalam kota kurang dari 10 km.
Namun sayang di Jogja ini jalan terlanjur berukuran sempit, tidak terlalu lebar dan kadang trotoar pun juga minim, Beberapa jalan sudah dibuat tanda khusus sepeda, tetapi masih saja digunakan pengendaraan bermotor, parkir mobil dan motor. Bahkan rata-rata jalur sepeda rusak dan berlobang karena bagian pinggir sering dipake untuk drainase pembuangan air.
Di Jogja Jalur sepeda sudah dibuat dengan memberikan garis pada jalan. Namun yang terjadi jalur sepeda tersebut digunakan untuk parkir dan tercampur pengguna kendaraan lain. Jalur sepeda di Jogja pun juga kurang nyaman karena biasanya sering banyak ditemui drainase pembuangan air di jalur sepeda tersebut.
Di beberapa kota lain sudah melakukan pembuatan jalur hijau antara lain bandung dan jakarta. Selain itu kampus-kampus juga sudah membuat jalur khusus sepeda. Contoh menarik dari kampus UI. Dibuat jalur khusus di luar jalan utama. Dalam 1 jalan tersebut dibuat 2 arah kanan dan kiri.
